Başkanlık sistemi ile parlamenter sistem arasındaki farklar, ülkenin hükümet sistemine ilişkin bir farklılık gösterir. Başkanlık sistemi, ülkedeki tüm hükümet işlerinin Cumhurbaşkanı tarafından yönetilmesini öngören bir sistemdir. Yani, Cumhurbaşkanı, ülkenin lideri ve yüksek yetkili otoritesidir. Diğer yandan, parlamenter sistemde, ülkenin lideri, başkanının yanı sıra, parlamentodan seçilen bir başbakan tarafından yönetilir. Başkanlık sisteminde, Cumhurbaşkanı, parlamentoya karşı sorumludur, ancak yasaların onaylanması, parlamentoya bırakılır. Parlamenter sistemde ise, başbakan, parlamentonun gücüne dayanır ve başkan tarafından seçilir. Başkanlık sisteminde, başkan kendi istediği yetkiyi kullanabilecekken, parlamenter sistemde başbakan, parlamentodan yetki alır. Ayrıca, başkanlık sistemi, başkanın seçilme süresini düzenlerken, parlamenter sistemde, başbakanın tayin süresi, parlamentoya bırakılır. Son olarak, başkanlık sistemi, başkanın yürütme işlerini yürütebilmesi için, anayasa mahkemesi veya başka bir hukuk organı tarafından doğrulanması gerekirken, parlamenter sistemde, başbakanın halk tarafından doğrulanması gerekir.