Hücre içi antijen, hücrelerin içinde bulunan bir yapıdır ve bu yapı, özellikle vücudun bağışıklık sistemini etkileyen bir özellik taşır. Bir hücre içi antijenin, hücrenin içindeki genetik materyalin yapısına veya hücre çeperinin yapısına bağlı olarak, vücut tarafından tanınabilen özelliğe sahip bir yapı taşıdığı anlamına gelir. Böylelikle, hücre içi antijenler, vücudun kendi kimliğini veya diğer hücrelerin kimliğini tanıyabilmesini sağlar ve bu nedenle, vücudun bağışıklık sisteminde önemli bir fonksiyona sahiptir.
Hücre içi antijenler, vücudun bağışıklık sisteminin hücreleri arasındaki iletişimi ve işbirliğini sağlamasında ve normal hücreleri anormal hücrelerden ayırt etmesinde çok önemli bir rol oynar. Hücre içi antijenler, vücut tarafından üretilen veya alınan antijenlere karşı kanıtlanmış bir bağışıklık oluşturmada önemli bir rol oynar ve bu nedenle, vücut tarafından üretilen ve alınan zararlı maddelere karşı korunma sağlar. Ayrıca, hücre içi antijenler, vücut tarafından üretilen antikorların ve antitümör hücrelerinin sağlıklı bir şekilde üretilmesine veya alınmasına da katkıda bulunur.
Hücre içi antijenlerin çoğu, insanların görünmeyen mikroorganizmalara karşı korunması için gerekli olan antikorların üretilmesinde önemli bir rol oynar. Ayrıca, hücre içi antijenlerin, kanser hücrelerinin tanımlanması ve tedavi edilmesinde de kullanılabilecek özel moleküller olduğu gösterilmiştir. Bununla birlikte, hücre içi antijenlerin tüm hastalıkları tedavi etmek için kullanılabileceği anlaşılmamıştır.